研究院实行领导小组领导下的院长负责制。领导小组是研究院的决策和监督机构，领导小组成员由鄂尔多斯市人民政府和中国地质大学(武汉)共同选派，主要职责为:审定章程、建立健全规章制度体系;任命研究院院长、执行院长、副院长;审定发展规划，审定年度工作计划、财务预决算、薪酬分配方案，研究院的终止和期满时的清算等重大事项。领导小组设双组长，由鄂尔多斯市市长和中国地质大学(武汉)校长担任。领导小组下设办公室，办公室主任由中国地质大学(武汉)选派的研究院执行院长和鄂尔多斯市教体局局长兼任。

  研究院设院长1人，执行院长1人，副院长2-3人，内设综合管理部、财务资产部、教育管理部、科研管理部成果管理部等5个部门，根据合作内容和项目另行委派专业团队:研究院调整或者增设内设部门，需要报请领导小组会议审议同意。